ふるさと納税と医療費控除を確定申告で同時申請する手順

この記事でわかること

会社員がふるさと納税と医療費控除を確定申告で併用する手順を数字で解説。ワンストップ特例との違い・還元率・注意点まで1記事で完結。

結論から言うと、ふるさと納税と医療費控除を同じ年に使う場合、ワンストップ特例は無効になり、確定申告が必須になります。申告書1枚で両方を同時に申請でき、手順は5ステップで完結します。

この記事の結論

医療費控除と併用する年はワンストップ特例が無効になるため確定申告で両方を同時に申請する。

ラク度3/5・申告書1枚で2控除を同時申請

手順の全体像

なぜワンストップ特例が使えなくなるのか

ワンストップ特例は「確定申告をしない会社員」だけが使える制度です（総務省の制度概要より）。医療費控除を申請するには確定申告が必要になるため、同じ年にふるさと納税をしていた場合、ワンストップ特例の効力は自動的に失われます。

ワンストップ特例を提出済みでも、確定申告でふるさと納税の寄附金控除を改めて申告すれば問題ありません。二重申請にはならず、確定申告の内容が優先されます。

必要書類を集める
ふるさと納税の「寄附金受領証明書」（各自治体から郵送）、医療費の領収書または医療費通知書、源泉徴収票（勤務先から）、マイナンバーカードまたは本人確認書類を用意します。
国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を開く
e-Taxのウェブブラウザ版（https://www.e-tax.nta.go.jp）にアクセスし、「令和7年分の申告書を作成する」を選択します（2026年1月以降）。
寄附金控除を入力する
「所得控除」欄から「寄附金控除」を選択し、自治体ごとに寄附金額と自治体名を入力します。寄附金受領証明書の記載どおりに転記すればOKです。
医療費控除を入力する
「所得控除」欄から「医療費控除」を選択します。年間の医療費支出が10万円（または総所得の5%）を超えた分が控除対象になります（所得税法73条）。セルフメディケーション税制との併用は不可なので、どちらか有利な方を選びます。
申告書を送信・印刷して提出
e-Taxならマイナンバーカードで電子送信（24時間対応）、書面なら税務署に持参または郵送します。提出期限は翌年3月15日です（2026年の場合、令和7年分は2026年3月16日が期限予定）。

確定申告では所得税の還付が先に受け取れる点もメリットです。ワンストップ特例は住民税の減額のみで、還付は6月以降の住民税で徐々に反映されます。

以下は目安の計算例です（実際の控除額は所得・家族構成等により異なります）。

年収500万円・独身の場合、ふるさと納税の自己負担2,000円を超えた分と医療費控除は独立して計算されます。合算されるわけではなく、それぞれ別の控除として所得から差し引かれます。
医療費控除の計算式：
　控除額＝年間医療費支出 − 保険等の補填額 − 10万円（目安）
例：年間医療費15万円 → 控除額5万円 → 所得税率20%なら約1万円が還付（目安）
ふるさと納税の控除はこれと別枠で計算されるため、医療費控除の金額が増えても、ふるさと納税の控除が減ることはありません。

ただし、医療費控除を申請すると所得控除が増えるため、住民税の計算基準となる「課税所得」が下がります。その結果、ふるさと納税の控除上限額がわずかに下がるケースがあります（数千円程度の変動が目安）。寄附前に控除上限シミュレーターで確認することを推奨します。